Petit rappel des deux premiers épisodes, Mulder est atteint d'un mal mystérieux et Scully se démène que se soit en Afrique où à Washington pour trouver un remède.
 
Quand Skinner annonce à Scully que Mulder a disparu, elle arrive comme une furie à l'hospital.
Scully : Il y avait des gardes postés devant la porte. Un homme gravement malade ne peut pas juste se lever et disparaître.
Skinner : Je sais, je sais.
Scully : Comment est-ce arrivé ?
Skinner : Sa mère est venue le voir.
Scully : Sa mère ?
Skinner : C'est ce qu'ils ont dit.
Scully : Est-ce quelqu'un lui a parlé ?
Skinner : Je vous laisse le soin de le découvrir. C'est mieux que je ne sois pas impliqué d'aucune façon dans cette affaire.
Scully : Monsieur ce n'est pas simplement une affaire. de C'est de l'agent Mulder que nous parlons!
Scully qui se reproche depuis le début son absence aux côtés de Mulder, ne peut supporter le fait qu'il est disparu alors qu'elle était près de lui. Ses sentiments de d'impuissance et de culpabilité s'ancrent en elle encore un peu plus. Un tas de question se forme dans sa tête,
" Est-ce que je mérite réellement la confiance aveugle que Mulder à en moi. Est-ce que tous ça se serait passé si Mulder avait une autre partenaire plus croyante. "
Une nouvelle Scully naît, plus déterminée, plus croyante, plus dure : elle n'hésite pas envoyer sur les roses son directeur, Kritschgau et Fowley, quand ils essayent de la freinée.
 
Scully : une petite cigarette agent Fowley ?
Fowley : Je ne fume pas.
Scully : A oui ? J'aurais juré que vos vêtements sentaient le tabac.
Fowley : Si on arrêté ce petit jeu?
Scully : Oui, arrêtons."
Elles se dirigent vers un bureau vide.
Scully : Où est Mulder?
Scully : Peut-être qu'avant de reprocher à tous le monde la maladie de Mulder et sa disparition, vous pourriez vous demander ce que vous avez fait pour empêcher-ca.
Scully : J'aimerais que vous réfléchissiez à ce qu'était Mulder au début de vos rapports, que vous réfléchissiez à son brillant avenir qui l'attendait, que vous réfléchissiez a ce qu'il est aujourd'hui et que vous osiez venir me dire en me regardant bien en face, les yeux bien dans les yeux, qu'il ne serait pas prêt à se bousiller sa santé pour essayer de vous sauver ! ! ! ! ! !
Les paroles de Scully ont eu un impact sur Fowley.
Scully : Je réfléchis agent Scully. Je réfléchie tous le temps Fowley part et laisse Scully seule dans le bureau.
Scully qui entretien une rancoeur envers l'agent Fowley, depuis le début, est sûre qu'elle est coupable de se qui arrive à Mulder. Scully peut par la même occasion, faire éclater sa jalousie.
 
Après avoir injecter un produit miracle à Mulder, l'homme à la cigarette le conduit dans un site de résidences.
L'homme à la cigarette (montrant les clefs de la voiture) : Vous pouvez rentrer à Washington. Retrouver Scully et vos affaires non-classées et votre mort imminente et je ne serais pas surpris si vous le faisiez …
L'homme à la cigarette, qui a suivit l'évolution de Mulder et de Scully depuis le début de leur coopération, connait la totale dévotion qu'anime les deux agents. A plusieurs reprises cette dévotion pour sauver l'autre et pour l'autre lui ont coûté plusieurs plans. Comme on l'a vu dans "Colonie", "complot", "le film"….
 
Alors qu'il est dans le coma, Mulder rêve à une vie meilleure, ou il vieillit loin des affaires non-classées. Il se voit soudain vieux et mourant.
L'homme à la cigarette : Votre soeur est morte il y a cinq ans.
Mulder a du mal à expirer... il devient triste à l'annonce de cette nouvelle.
Mulder : Ou… ou est passé Gorge Profonde ?
L'homme à la cigarette : On n'en est plus là. Il est mort. Diana est morte... et Scully aussi.
Mulder paraît bouleversé par la nouvelle.
Mulder : Scully est morte ???
Mulder commence à pleurer.
A la nouvelle de la mort de Scully, Mulder ressent une profonde douleur et une énorme tristesse. Le fait de savoir que Scully est morte et qu'il n' était pas auprès d'elle, renforce son sentiment de culpabilité qu'il ressent depuis l'enlèvement de sa sœur. Le fait de perdre à nouveau une personne qu'il aime sincèrement bouleverse Mulder au plus profond de lui.
Si on prend en compte le fait que Mulder rêve d'une vie meilleure loin des affaires non-classées, le Mulder de cette vie réalise que grâce à son détachement aux X-Files, il a pu vivre plus sereinement et plus en sécurité, mais qu'il a vécu loin de la personne qu'il aimait le plus et pour qui il comptait et qu'il a abandonner.
Rêver de cette scène tragique, est en fait un cri d'alerte du subconscient du vrai Mulder qui se trouve pendant ce temps entre la vie et la mort. Le corps de celui-ci n'est rattaché a rien, il suffit de pas grand chose pour qu'il sombre inévitablement dans les profondeurs de la nuit éternelle, alors son subconscient essaye de faire comprendre à l'âme et au cœur de Mulder qu'il a quelqu'un pour qui il compte et qui compte pour lui, et que c'est pour cette personne qu'il doit résister.
 
Mulder semble réagir, car pendant l'opération il ouvre les yeux, comme le ferais quelqu'un qui se réveille après avoir fait un cauchemar. Un deuxième cris d'alerte frappe Mulder : cette fois-ci il voit sa Scully.
Scully débarque dans la chambre de Mulder, très vieux et dans son lit. Il tend ses mains vers Scully. Il semble heureux de voir un visage familier.
Mulder : Oh Scully ! Je savais que tu viendrais. Ils m'ont dit que tu étais morte.
Scully n'a aucune sympathie pour lui.
Scully : Et tu les as cru . Traître.
Mulder : (confus) Quoi ?
Scully (froide) : Déserteur, lâcheur.
Mulder : (blessé) Scully, ne me fais pas ça... je suis en train de mourir.
Scully : Tu n'as pas le droit mourir, Mulder - pas ici.
Mulder : Qu'est-ce que tu veux dire ?
Scully : Pas dans un lit confortable pendant que le diable est dehors
Mulder : Non, tu ne comprends pas. Ils ont veillé sur moi.
Scully : Non, Mulder, il t'as aveuglé. Il t'as échangé ta véritable mission contre le confort matériel.
Mulder : Il n'y avait pas de mission. Il n'y avait pas d'extraterrestres.
Scully : Pas d'extraterrestres ? As-tu regardé dehors Mulder
Mulder : Non... je suis trop fatigué.
Scully : Non Mulder, il faut que tu te lève et que tu te battes...surtout toi. Ce n'est pas chez toi ici. Lève-toi Mulder. Lève-toi et bas-toi !
Elle se retourne et quitte la chambre. Mulder murmure son nom.
Mulder : Scully... Scully Scully !
Avec cette deuxième alerte, le subconscient de Mulder essaye de lui faire comprendre que si il arrête les affaires non-classées, il perdrait la seule chose qui à de l'importance pour lui, et qu'il a mit sept ans à créer : l'amitié, la confiance et l'amour de Scully. Scully représente pour lui une sorte de miracle : c'est la seule personne qui à réussit à dompter cet animal qu'était Fox Mulder. Un animal que la vie n'a pas épargné. Au début de leur partenariat Mulder était comme un petit garçon qui voulait se protéger des coups durs de la vie, qui ne l'avait pourtant pas oublier. Se protéger en se terrant dans son bureau et en se consacrant 100% pour 100% à son boulot. Seule la sincérité et les preuves d'amitié de Scully ont réussit à faire renaître à nouveau Mulder. Et ce que son rêve essaye de lui faire comprendre, c'est que si il s'abandonner aux bras de la faucheuse maintenant, il perdrait sa lumière, son miracle, sa Scully
 
Mulder est toujours dans le coma, mais quand Scully arrive auprès de lui, et qu'elle commence à lui parler, il reprend doucement conscience.
Scully : Mulder. Mulder, tu dois te réveiller. Il faut que je te sorte de là. Mulder, est-ce que tu m'entends, il faut que tu te lève, tu comprends ?
Les yeux de Mulder papillonnent tandis que l'image d'un Mulder vieux hurlant se superpose à l'écran.
Scully (commençant à pleurer) : Mulder, tu dois te réveiller. Je ne sais pas si nous avons encore beaucoup de temps. Tu dois te réveiller Mulder.
Autre flash de Fox, criant.
Scully (suppliant) : Personne ne peut le faire à part toi Mulder. Mulder, aide-moi, je t'en supplie, Mulder.
Une larme coule de ses yeux et tombe sur la joue de Mulder... qui ouvre faiblement les yeux.
Mulder : (réveillé) : Toi... aide moi.
Il enroule ses bras autour d'elle
Grâce a ses deux perturbant rêves, Mulder sait que la seule personne pour qu'il doit se battre est celle qui lui parle en ce moment même. Le son de la voie de Scully arrive à sortir Mulder un peu de son état comateux. Il se livre maintenant à un combat intérieur entre le vrai Mulder et le Mulder qui veut se reposer éternellement.
La sensation du roulement sur sa joue d'une petite gouttelette d'eau salée qui vient du plus aimant des cœurs est le facteur déclancheur de son réveil. Sortant de son coma, Mulder essaye de dire à Scully ce qu'il a comprit, mais il est tellement épuisé qu'il peut simplement lui dire que c'est grâce à elle qu'il s'en ai sortie.
 
Une semaine après cette scène émouvante entre les deux agents, Scully se dirige vers l'appartement de son partenaire et cogne à la porte. Mulder ouvre la porte. Il a un bandage sur la tête et porte une casquette des Yankees de New York par-dessus. Il semble très heureux de la voir.
Mulder : Scully, je… je m'en allais au travail pour te dire qu'Albert Hosteen est mort.
Scully : Il est venu… nous avons même prié ensemble. Mulder, je ne peux pas croire cela. Je ne crois pas cela. C'est impossible.
Mulder : Est-ce que c'est plus impossible que ce que tu as vu en Afrique ou ce que tu as vu en moi?
Scully : Je ne sais plus ce que je peux croire. Mulder, j'étais si déterminée à trouver un remède pour te sauver que j'étais prête à nier ce que j'ai vu et maintenant, je ne sais pas… je ne sais plus. Je ne sais pas ce qu'est la vérité… je ne sais plus qui écouter. Je ne sais pas qui croire. Diana Fowley a été retrouvée assassinée ce matin. Je ne lui ai jamais fait confiance… mais elle m'a aidée à te sauver autant que je l'ai fait. Je suis désolée… je suis tellement désolée. Je sais qu'elle était ton amie.
Scully qui s'est démenée depuis le début du mal de Mulder pour le sauver, mettant ses propres convictions cartésiennes sur le fil du rasoir ne peut retenir ses larmes, elle est complètement débousollée et ne sait plus ou elle en est, la seule chose qu'elle sache à présent est la nature de ses sentiments pour Mulder.
 
Mulder : Scully, j'étais comme toi autrefois… je ne savais pas a qui faire confiance. Alors j'ai choisi un autre chemin… une autre vie, une autre foi, où j'ai trouvé ma soeur. Mon monde n'était pas reconnaissable. Il n'y avait qu'une chose qui est restée la même. Tu… étais mon amie et tu m'as raconté la vérité. Même si le monde était sur sa voie de destruction, tu étais ma référence , ma Pierre se touche.
Scully : Et tu est la mienne.
Mulder qui n'arrive toujours pas à faire la part des choses entre ses rêves et la réalité, essaye de dire à Scully que dans son monde sans les affaires non-classées,ou il n'avait plus aucun repère, il savait que Scully était toujours là pour lui et que c'était la seule chose qui le rattaché à son ancien monde.
Après ces mésaventures, les deux agents connaissent les réels sentiments qui les animent, sans se les avouer clairement.
Scully embrassent tendrement mais aussi avec passion Mulder sur le front, seul son côté pudique et sa réserve l'empêche de l'embrasser sur la bouche, et elle se contente de lui faire un doux baiser rempli d'émotions sur le front. Et elle exprime clairement son désir et son amour à Mulder en lui tenant tendrement le visage entre ses deux mains et avant de partir, elle glisse un de ses doigts sur les lèvres de Mulder. Quand à lui Mulder suit Scully du regard comme ébahit par sa partenaire et garde son image en mémoire, pour ne jamais l'oublier.
 
On a souvent dit que les gens qui reviennent d'un coma, renaissent une deuxième fois. Ils sont comme transformés, et animés par d'autres convictions. Pour Mulder, c'est exactement la même chose. Lui qui était persécuté par des indécisions depuis la cinquième saison, il renaît avec enfin des réponses et de nouvelles convictions. Depuis quelques années, il se demandait si sa place était toujours au FBI. Maintenant, il sait que sa place est aux affaires-non classées et au près de Scully. Son regard sur Scully a lui aussi changé : maintenant, il connait ses sentiments pour elle, mais aussi les sentiments que cette dernière à pour lui. La dernière scène est une scène très poignante, c'est une véritable déclaration d'amour que les deux agents se vouent. Même si les termes ne sont pas réellement exprimés, les regards et les caressent en disent long. Maintenant seul le temps arrivera à les faire décider à s'avouer clairement leurs sentiments et à enfin les exprimer. Mais attendons la suite de la septième saison, pour en savoir plus.
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