Dans l'épisode "Journal de mort" 4X15, Scully apprend qu'elle est atteinte d'un cancer inopérable et dont le traitement est rarement efficace. Cette maladie aurait un rapport avec son enlèvement et le fait qu'elle ait enlevé son implant. Scully l'annonce à Mulder et entre à l'hôpital pour débuter son traitement. Là-bas, elle écrit un journal destiné à Mulder.
Voici les paroles très émouvantes d'une Scully qui fait ses adieux à son coéquipier...
"Pour la première fois, je ressens le temps comme une pulsation cardiaque, les secondes battent dans ma poitrine comme un compte à rebours. Les mystères qui me semblaient hier encore si épais, si insondables se dissolvent peu à peu dans la clarté de la vérité comme une brume matinale aux premiers rayons du soleil.
A mesure que j'écris ces mots, je me sens soulagée de leur poids car je sens que tu les liras et que tu partageras mon fardeau, toi qui porte déjà tout le poids de ma confiance.
C'est pour moi un grand soulagement que de t'ouvrir mon âme pour que tu y trouves la mémoire et l'expérience que tu y as mises et qui t'appartiennent. C'est là mon seul réconfort.
Alors que je vois le ciel s'assombrir et l'horizon se boucher, annonçant le terme d'un voyage commencé il n'y a pas si longtemps.
Un voyage entreprît avec ma foi et mes convictions d'abord ébranlées puis raffermies par tes propres convictions.
Et c'est sans doute cette foi qui me donne aujourd'hui la force d'affronter la dernière épreuve de ce voyage inachevé.
Il me reste à espérer que tu voudras bien me pardonner de ne pas faire le reste du chemin avec toi."
 
"Pendant mes études de médecine, j'ai appris que le cancer entrait dans l'organisme sans crier gare, comme un étranger indésirable qui s'installerait chez toi et transformerait son nouveau foyer en un lieu hostile, même pour lui. Car telle est la malédiction du cancer. Qu'il commence comme un envahisseur et devient bientôt lui-même victime de l'invasion et il t'oblige à le détruire mais seulement au risque de te détruire toi-même.
La science est possédée par ce démon et mon traitement représente une tentative d'exorcisme.

Mulder, j'aimerais qu'à cette occasion tu puisses le connaître, me connaître et que tu acceptes cet étranger que tant de gens reconnaissent sans pouvoir l'exorciser tout à fait.
Et si jamais les ténèbres m'ont envahi quand tu liras ses lignes, ne va pas t'imaginer que quelque intervention mystérieuse aurait été possible, que tu aurais pu faire quelque chose.
Bien que nous ayons déjà fait une longue route ensemble nous devons nécessairement terminer ce voyage en solitaire."
 
"Mulder, je ne t'ai pas écris depuis 24 heures parce que le traitement affaiblit non seulement mon corps mais aussi mon esprit. Je ne sais pas comment te décrire la crainte que m'inspire cet ennemi que je ne peux ni vaincre, ni fuire. L'état de Penny Neurson a empiré. Je la regarde maintenant avec ce mélange de peur et de respect qu'on éprouve à la vue d'une victime dont on sait que l'on partagera le sort. Quand je la vois je ne peux m'empêcher de me voir dans un mois ou dans un an et tout ce que j'espère c'est que j'aurais son courage.

Mulder je te sens proche de moi, même si je sais que tu suis maintenant ta propre voie et je t'en suis reconnaissante plus que tu ne saurais l'imaginer. J'ai besoin de savoir que tu seras là quand j'arriverais au bout du chemin."