La saison 1 est marquée par la rencontre entre les deux agents : Mulder, le martien et Scully la sceptique (1X79, "Pilot"). Leurs deux forts caractères s'opposent dès les premières enquêtes (1X1, "Gorge Profonde"). Poutant, une grande confiance naît également et très rapide entre eux (1X2, "Compressions"/ 1X7, "Projet Arctique" / 1X23, "Les hybrides"). 
Physiquement, on apprend que Scully n'est pas indifférente aux charmes de Mulder (1X4, "Le Diable du New Jersey") alors que celui-ci fait des ravages auprès des autres femmes (1X11, "L'incendiaire"), tout comme Dana d'ailleurs…(1X13, "Masculin Féminin"/ 1X14, "Lazare"/ 1X16, "E.B.E").
Mais quoiqu'il en soit, à la fin de cette saison, les deux agents du FBI sont devenus de véritables partenaires qui peuvent compter l'un sur l'autre dans les moments difficiles, que ce soit au sein de leur travail (1X20, "Le retour de Tooms") ou dans leurs vies privées (1X12, "Le Message").